asahi.com：新幹線、新大阪―鹿児島が直通　１１年春、４時間で結ぶ - ビジネス

異なる運行条件の一つは自動列車制御装置（ＡＴＣ）。７５年に全線開業した山陽新幹線はアナログ信号方式なのに対し、九州新幹線はより大量の情報を送受信できるデジタル信号方式だった。また、九州の区間は山陽に比べ急勾配（こうばい）が多く、山陽の既存車両が乗り入れることはできなかった。このため両社は２方式のＡＴＣに対応した機械を搭載し、登坂性能を高めるなどした新車両を両社で製造することで合意した。指令系統の統合や運転本数は引き続き協議する。

フル規格の新幹線でも、技術の進歩で互換性がなくなったりするんですね。
ということは、東京から鹿児島までの直通運転は、まだ当分先になりそうですね。