毎回、対処方法を忘れちゃうので。
FreeBSDに Apache2.2をインストールしても、Webminには Apache Web サーバー用モジュールが現れません。
こういう場合は、https://（サーバーアドレス）:10000/apache/ に直接アクセスします。
すると、「httpd.confが見つからないので、モジュール設定で指定し直してください」みたいなメッセージが出ます。
モジュール設定のリンクをクリックして、httpd.conf も含めたその他のパスを /usr/local/etc/apache22/ に変更して保存します。
これで「サーバー」カテゴリに「Apache Web サーバー」が現れます。