不思議な現象

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なんかWebサーバー(FreeBSD 6.2R)で portupgrade すると、トップページ(index.html)が消失するという事象がおきている。 もうこれで3回目だ。 なんのportが更新された時に起きるのか掴めていないのだけど。
不思議だ。