IBMのNet Vista M42 Slimを2台使用している訳なんですが、スリムタイプの筐体ですのでM/Bのフォームファクタは、ライザーカードを使用するNLX (New Low Profile eXtended)になっています。
当然ですが、ATXやMicroATXのM/Bと交換することはできません。
下の写真は6290-34Jの写真ではありませんが、PCIスロット以外はまあこんな感じ。
それはD945GCLF2やD510MOなどのMini-ITXのM/Bでも同じことです。
ただM/Bの大きさ自体はMini-ITXの方が小さいので、バックパネルが合わないことやPCIスロットが使えないことに目をつぶれば、載せること自体は出来るかもしれません。
ちなみにMIni-ITXの取り付け穴は、ATXやMicroATXと互換性があるそうです。
GbEもオンボードだし、Webサーバー用途ならPCIスロットで何か増設する必要はないでしょう。
D510MOはパラレルATAがないので、SATA接続のスリムDVDドライブ（4、5千円）が必要になりますが、でもちょっとソソられますね（パラレルATAがあるD945GCLF2にするという手も）。
デスクトップ用途だと、D510MOはDVI出力がないのが大きなマイナスですが、AOpenの nMCP7A-ION94 のようにNVIDIAのIONチップセットを採用したM/BならDVI出力もあるみたいです。 でもAtomは浮動小数点演算が弱いので、あえてデスクトップで使おうとは思わないですね（値段もソコソコしますし）。
Webサーバーの6290-34JはPentium4 2.53GHzなので、ちょっと消費電力が大きめです（それでも最大58W）。 24H稼働のサーバーは、電気代に与える影響も大きいので、検討する価値はあるかもしれません。