telnet や FTP はセキュア接続に変えていましたが、MT5のダッシュボード（管理画面）は通常のHTTP接続のままでした。
以下は、FreeBSDの ports で入れた Apache2.2.14 の場合です。
まず、FTPS用に作ったサーバーの鍵（server.key、server.csr）を、/usr/local/etc/apache22 へとコピーします。
んで、サーバー証明書を作るために、
www# cd /usr/local/etc/apache22
www# openssl x509 -in server.csr -days 365 -req -signkey server.key > server.crt
を実行します。
次に、/usr/local/etc/apache22/http.conf を編集して、
# Secure (SSL/TLS) connections
Include etc/apache22/extra/httpd-ssl.conf
と行頭の # を外して、httpd-ssl.conf の読み込みを有効にします。
/usr/local/etc/apache22/extra/httpd-ssl.conf 自体は特に変更しなかったです。
最後に、mt-config.cgi に AdminCGIPath を追加します。
AdminCGIPath https://（ドメイン名）/（MTのディレクトリ）/
Apacheを再起動して、AdminCGIPath に指定したアドレスにアクセスすればOKです。
あと、忘れずに「クイック投稿」のプロパティも「https://～」に変更します。