その後、USBメモリを見つけたので、LiveCD（FreeNAS-amd64-LiveCD-0.7.1.5065.iso）から起動してFreeNASのインストールを試みたのですが、なぜかUSBメモリへの書き込みに失敗してしまいます。
仕方なくLiveCDで起動した状態で触ってみているのですが、ポートマルチプライヤより先のHDDは、１つだけしか認識されていません。
Sil3124はata(4)でサポートされているらしいのですが、siis(4)というモジュールも必要みたいです。
既存のata(4)インフラストラクチャは最近のコントローラやデバイスに対して制限が多く，その性能をフルに発揮できていない状況にあります。実装としてはata(4)と同じくらいCAMサブシステムも古いものの，こちらはこうした問題を解決するための仕組みを有しています。このため，ATAをCAMベースで実装し直してこうした問題を解決しようという取り組みが進められています。
現在の実装では，ata(4)で認識されていたデバイスは次のように認識されます。
* ATAディスクはadaドライバとして認識される
* ATAPIデバイスは既存のSCSIドライバ(cd，da，saなど)として認識される
* SATAマルチプライアをサポートするためにpmpドライバを追加
* SATAコントローラをサポートするためにahci(4)およびsiis(4)を追加
/boot/kernel/siis.ko を kldloadすればいいみたいです。
ところが、siis.ko はFreeNAS 0.7.1には含まれていない模様。 FreeBSD 8-STABLEには存在するのを確認したんですが。
もうちょっと調べてみます。