MVCへの転換は、まだ1/5くらいしか進んでいません。
作業としては、
１．DBへのアクセス部をクラスとして切り出す（Mの分離）
２．テンプレートに渡すデータを、連想配列として作成する
３．テーブルの行を作成するための繰り返しや、ドロップダウンリストの作成を、テンプレート側で行う
の３点なんですが、処理が入り組んでいたりするページもあって、なかなか大変です。
Smartyの書式については、V2.x と V3の違い（foreach文とか）に戸惑いましたが、少しずつ浸透してきました。
書式作成のためにPHP側で行っていた処理を、テンプレートに持っていったことで、記述が簡素化された部分もあります。 よく考えられているなと感心します。
慣れてくれば、移行の進度も上がってくると思います。
クラス化については、当初は１ページに１クラスファイル（.class.php）と考えていましたが、汎用的なテーブルアクセスを除くとページ特有なものは少ないです。
そこで、トップメニューの項目単位でクラスファイルを作成し、その中に記述しています。
一番戸惑っているのは、２の連想配列の作成です。
テンプレートに渡すのは配列１個だけというのが理想で、いろんなデータをその中に入れたいわけですが、今まであまり使ってなかったのと、foreachのポインタなんかの関係で、いまだに混乱することがあります。
まだまだ修行がたりませんね。