シリンダーの角度とフライホイールの角度が合わない件が解明されました。
関係筋によると、C90CMの場合Lクランクケースカバーの覗き窓がクランクシャフトの真上ではなく、シリンダー側に5度傾いた位置にあるそうです。 よって、フライホイールのTマークとキー溝の角度は75度で正しいとのこと。
C50CMのLクランクケースカバーはC90CMと同じ（11341-GB5-740）なので、C50CMのフライホイールも75度なんでしょうね。
なんで覗き窓が真上じゃないのかまでは訊きませんでしたが、車体への搭載角度とかメンテ時の覗き込み易さとかなんでしょうか？
ジョルカブの場合は、下セルなのでLクランクケースカバー（11341-GES-000）は専用です。 車体への搭載角度やメンテ性もスーパーカブとは違います。 ということは覗き窓の位置がC90CMと違う可能性もありますね。 点火時期が同じC50CMとフライホイールの型番が異なるのも気になります。
ジョルカブの下セルレプリカである支那エンジンのフライホイールの角度（70度）が正しければ、ジョルカブのLクランクケースカバーの覗き穴は、シリンダー側に10度傾いた位置にあるのかもしれませんね。
C90CMのフライホイールを取り付ける前に、ジョルカブのとしっかり比較しておく必要がありそうです。