FreeBSDのportsで入れたApache22の場合、ドキュメントルートは /usr/local/www/apache22/data/ になります。
それに対してバーチャルホストを作って、ドキュメントルートを /usr/local/www/apache22/data/mt/monolog/ に変更しました。
この結果、favicon.ico のパスは、/mt/monolog/favicon.ico から /favicon.ico でいいハズです。
ところがその設定では、なぜか Firefox は favicon.ico を表示してくれません。 /mt/monolog/favicon.ico だと、（mod_rewrite が働くので）ちゃんと表示されます。 なんで？
ちなみに IE8 では表示されます。
いろいろ試みたものの解決できなかったので、結局「HTMLヘッダー」の記述をこのようにしました。
<link rel="shortcut icon" href="/favicon.ico" type="image/vnd.microsoft.icon" />
<link rel="icon" href="/mt/monolog/favicon.ico" type="image/vnd.microsoft.icon" />
安直ですが、これで Firefox でも表示されるようになりました。