一応完結としましたが、現在デスクトップ機として使っている6290-34Jも、いずれはM/Bを交換したいと思っています。
今回やってみて分かった問題点を、もう一度まとめてみると
１．HDDのトレーがDIMMと干渉してセットできない
２．スリムDVDドライブが流用できない（IDE-SATA変換コネクタをつけると、シャーシファンに干渉）
３．フロントパネルの機能（USB端子、電源スイッチ、電源/HDDのランプ、オーディオ出力）が使えない
となります。
電源のピン数やバックパネルは、解決方法がわかりましたので対象外です。
まず２．についてですが、SATA接続のスリムDVDドライブに交換するのが王道なのでしょう。
ですがSATA接続のスリムDVDドライブは製品数が少なく高価です。 SATAコネクタが特殊という話も聞きます。 変換ケーブルもあるみたいですが、ちょっとまだ一般的ではないのが不安です。
調べてみたら、IDE接続のスリムDVDドライブをSATA接続に変換するアダプタが出ているようです。
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今まではNetVista付属のスリムドライブ→IDE変換基板に、IDE→SATA変換アダプタを取り付けようとしていたのですが、これならシャーシファンと干渉せずに取り付けられそうです。
価格的にも、SATA接続のスリムDVDドライブを新規に買うよりはるかにリーズナブルですので、これに決定ですね。
１．に関しては、HDDトレーをそのまま使うのであれば、メモリスロットの位置がD510MOより20mmくらいリヤパネル側に寄ったM/Bを選ぶしかなさそうです。
古い製品（Atom N230+945GC）ですが、GIGABYTEのGA-GC230Dでもギリギリかと。
ところでMini-ITXのM/Bの中には、メモリスロットにノート用と同じSO-DIMMを採用しているものもあります。 最近はメモリも安いですが、T61に使っていた2GB DDR2-5300 SO-DIMMが２枚余っているので、これが活用できたらいいですね。
Albatronの KI690-AM2とか PI945GSE-270 、AOPENの nMCP68St-LAやi965GMt-LA、i45GMt-HD、nMCP7AUt-V、J＆W Technologyの MINIX 785G-SP128MB、Jetwayの JNF94-270-LF なんかが対象になります。 でもどれも結構なお値段がします。 まあD510MOが安すぎるのですが。
それにデスクトップ機なら、Juli@（PCIのオーディオカード）を継続して使いたいところです。
M42 SlimをMini-ITX化した場合、PCIスロットは使えなくなってしまいます。 ならば、WHS機の筐体をデスクトップに回して、6290-34JをWHS機にすることになります。
WHS機もPCIスロットにeSATAカード（REX-PCI15PM）を挿していますが、ロープロファイル対応なのでなんとかなるでしょう。
WHS機のブートHDDは3.5インチなので、内蔵しようとするとD510MOは使えません。 デスクトップ用にD510MOを使えなくもないですが、もうちょっと能力がほしいところです。
というわけで堂々巡りしています（笑）。
結論としては6290-34JをWHS機にまわして、HDDのトレーを改造するか、PCIスロット用3.5インチHDD取り付けマウンタを利用して、D510MOと3.5インチHDDを両立できるようにする他ないですね。
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ただ、このマウンタだと M42 Slimのシャーシ中央にあるビームに干渉しそうな気がします。 やはりトレーの改造しかなさそうです。