まだ走行距離は80kmにも至ってないですが、少し感じたことを。
まず乗車姿勢について。 ハンドル幅は110iと同じです。 ステップの高さもタイヤサイズやエンジン位置からそれほど違わないと思います。
違うのはシート高ですね。 身長180cmの自分で両足の踵がギリギリ着く感じです。 110iだとベッタリ着いて膝に余裕があるので、だいぶ違います。
スペック上のシート高だけでなくシート形状（125iの方が幅広い）やシートの沈み込み（125iの方が当たりが硬い印象）の違いもあるように思います。
そのぶん乗車時に膝の曲がりが少ないので、長時間走行はラクな面もあるかもしれません。
シートが幅広いのは言うまでもなくメットイン化の影響です。 体重が分散されて尻の痛みが軽減されそうですが、夏は蒸れるかもしれませんね。 当たりが硬いのはメットインの容積を稼ぐためにシートスポンジも薄くなっているから？
110iと比較して一長一短ですが、メッシュシートカバーを敷くことで改善できるでしょう。
乗車感覚は110iとかなり違います。 一言で言えば「シートの高いスクーター」という感じです。 それに比べると110iの方がバイク然とした乗り味です。
110iと125iはカタチは似てますが全く違うバイクです。 110iだと林道でも迷わず入って行けると思いますが、125iだと自主規制しそうな気がします。
ホイール交換の際に、センタースタンドを立てて前輪を外したら前に倒れそうになりました（シートにオモリを載せて作業した）。 バッテリーがシリンダーヘッドの真上にあるので、110iより前輪荷重が高いかもしれません。
軽くて後輪側に重心がある110iの方が振り回しやすいと思います。 直進安定性が高いので、高速巡航はラクでしょう。
もしかしたら125iの乗り味には拒否反応を示す方もいるかもしれませんね。 購入前に一度試乗されたほうがいいと思います。 メットインになる前（～11M）のWave125i（アウトストラーダさんのインプレッション）だと「110iの乗り味で125iのパワー」なのかもしれません。
パワーについては125ccにボアアップした110iよりもゆとりを感じます。 まだ全開加速や最高速にチャレンジしてませんが、絶対的な速さは125iの方が上でしょう。 振動もボアアップ済110iより少ないです。 長距離巡航性能は間違いなく125iに適性があります。
ただノーマルの110iでもGPS読みで100km/h以上出ますし、体感的な速さはむしろ110iの方が感じられるのではないかと思います。
ギヤ抜けはまだないですが、シフト荷重が重いです。 この重さは日本のカブでは受け入れられないレベルかも？ 奥までしっかり踏み込む必要があるので、クイックシフトは難しいです。
1～3速の守備範囲が広く、街乗りではこれで事足ります。 というかクルマの後ろについて50km/h（メーター読み）くらいで走っているときなどは、意識してないと4速に入れずにずっと3速のまま走ってしまいます。 変速比の詳細は調べていませんが、カブ90の3速ミッションみたいなイメージかと。
4速は125ccをもってしても中間加速での力が薄く、完全にオーバードライブ（OD）としての存在です。 60km/hくらいでようやく4速に入れようかな？という感じです。 街乗り中心の人ならドリブンスプロケット（36T）を1～2丁大きくしたくなるかもしれません。 クロスカブのドリブンが37T（41201-KWW-640）なので流用できると思います。 ドライブ側は14Tなので、125ccのパワーで13Tにするのはチェーンが痛みそうでちょっとヤな感じです。
125iのシート下の収納力は圧倒的です。 ちょっとした買い物ならトップケースは不要でしょう。
標準でヘッドライトが明るいのはいいですね。 メーターのギヤポジションインジケーター（1～4速）ランプがあまり明るくないので、直射日光下では視認性が悪いです。
思いついた順に書き連ねてみましたが、また何か感じたら追記いたします。