自分自身、あまり使ってなかったのですが、このblogの右上にある検索を実行すると、タイムアウトでエラーになってました。
最初は FCGI関係かなと思ったのですが、どうやらMTの設定だったようです。
SearchThrottleSeconds | 環境変数リファレンス
SearchThrottleSeconds はサイトの検索を実行したときに、指定した秒数以上、時間がかかるとタイムアウトします。
検索できる間隔の設定は Movable Type 4.15 より以前のバージョンでは ThrottleSeconds を使用していました。Movable Type 4.15 からは ThrottleSeconds はコメントやトラックバックの再投稿間隔を設定のみになりました。検索の設定は SearchThrottleSeconds で設定をおこないます。
ThrottleSeconds は15に設定していたのですが、SearchThrottleSeconds は設定してなかったので、デフォルトの5秒だったのですね。
SearchThrottleSeconds も15に設定したら、タイムアウトしなくなりました。
大変ご迷惑をお掛けしました。