最初は自動で消す方法がないかと思って調べてみたんですが、どうやら消すのはよろしくないようです。

WingMemo: サムネイルリストからブログ記事（エントリー）にリンクを張る (MT４用)

この周りの<form mt:asset-id="12" class="mt-enclosure mt-enclosure-image"></form>って何よ！？と思った方、おられるのではないでしょうか（ハイ、私です）。ところが、実はここが画像とエントリーを紐付けている部分だったのですね。mt:asset-id="12"というのが画像のID番号です。そのため「何だコレ、こんな意味不明なもん要らん」などと自己判断で削除してしまうと関連付けがなくなってしまい、システムがエントリーに所属する画像を探せなくなってしまいます（具体的には<MTEntryAssets>タグが機能しなくなります）。ですので、「MTに自動でサムネイルから記事にリンクを張ってほしい」場合はこの赤字の部分、勝手に消さないようにご注意（←最初意味が分からず削除しまくっていた人は語る…）。

まあ、見た目に悪さはしないようなので害はないと思います。　美しくはないですが．．．