Media Goで ALACから FLACに変換すると、変換されたファイルは同じフォルダに保存されます。
音楽ライブラリはFreeNASにあり、フォルダはアーティスト名→アルバム名で階層化されています。 この中からALACのファイル（*.m4a）だけを削除するにはどうしたらいいでしょうか？
まずALACのファイルを列挙するには、このようにします。
find /music/iTunes -type f -name "*.m4a" -print
これを削除する場合は、
find /music/iTunes -type f -name "*.m4a" -exec rm {} \;
とやります。 移動するなら rmコマンドの代わりに mvコマンドを、コピーするなら cpコマンドですね。
注意点は同じ拡張子（m4a）のAACファイルも一緒に処理してしまうこと。
あと、重複ファイル（ファイル名に「 1」とか連番が付いている）を消す場合は、
find /music/iTunes -type f -name "*\ 1.m4a" -exec rm {} \;
半角スペースの前に\を入れるとマッチしてくれます。